Năm học 2013-2014, trường đào tạo 190 nghiên cứu sinh của 29 chuyên ngành và 1.606 học viên cao học của 32 chuyên ngành. Trong năm học này, trường đã được giao nhiệm vụ đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ ngành công nghệ sinh học – là một trong các ngành công nghệ mũi nhọn. Ngoài ra, trường tiếp tục liên kết với các ĐH quốc tế, các viện như Viện Khoa học và Công nghệ Paristech (Pháp), Viện John Von Neumann (JVN)… đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ.

Trần Thanh Sơn (nạn nhân chất độc da cam) nhận bằng thạc sĩ hệ thống thông tin của Trường ĐH Khoa học Tự nhiên. Trước đó, học viên này cũng đã nhận bằng thạc sĩ quản trị kinh doanh của Trường ĐH Kinh tế TP HCM

Đợt này, có 6 học viên nhận cùng lúc 2 bằng thạc sĩ của Trường ĐH Khoa học Tự nhiên cấp và bằng do Viện Khoa học và Công nghệ Paristech cấp.